Datos de contacto
Científico Responsable
María A. MartínezTécnico Responsable
Francisco J. Morón Civanto- Teléfono: (+34) 955 923 075
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- Bienvenidos al IBiS: Instituto de Biomedicina de Sevilla
- 21/05/2023 [Ref. REF/093/23 HUVR-I] • Una plaza de Técnico/a de Investigación
- 20/05/2023 [Ref. REF/078/23 HUVR-I] • Una plaza de técnico/a especialista de investigacion
- 17/05/2023 [Ref. REF/068/23 HUVR-I] • Una plaza de Investigador/a
- 13/05/2023 [Ref. REF/084/23 HUVR-I] • Una plaza de Técnico/a Especialista de Investigación
- 13/05/2023 [Ref. REF/085/23 HUVR-I] • Una plaza de Técnico/a de Investigación
Genómica y Secuenciación
María A. MartínezFrancisco J. Morón CivantoGenómica y Secuenciación
El servicio de Genómica y Secuenciación está dotado con la infraestructura necesaria para el desarrollo de estudios de genotipado de SNPs, secuenciación de DNA por electroforesis capilar, estudios de expresión de RNA y estudios de metilación, entre otros. El servicio ofrece asesoramiento científico y soporte técnico tanto a investigadores del IBiS, como a investigadores de otros centros públicos o privados.
Ubicación:L-V: De 9:00 a 17:00 *
Horario:1ª Planta
(*) Aquellos experimentos que requieran tiempo fuera del horario establecido se podrán realizar previo conocimiento del técnico responsable.
- Secuenciación (AB 3500): El Secuenciador automático de 8 capilares de Applied Biosystems permite una amplia variedad de aplicaciones, que incluyen además del cribado o validación de SNPs, el análisis de microsatélites, MLPA (Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification), LOH (Loss of Heterozygosity) y AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism).
- Perfiles de Expresión Génica (Affymetrix): La tecnología GeneChip de Affymetrix permite a los usuarios el estudio de expresión de RNA en diferentes organismos mediante una amplia gama de microarrays. De esta manera podemos realizar diferentes tipos de análisis como: expresión génica diferencial (3’ IVT Array, Gene Array y Exon Array), variantes de splicing (Gene Array y Exon Array), interacción proteína-DNA (Human Promoter Array) o pre-miRNA, miRNA maduros, snoRNA y scaRNA (miRNA Array), entre otros.
- OncoScan FFPE (Affymetrix): Este array permite detectar, a partir de DNA de muestras tumorales incluidas en parafina, variaciones en el número de copias (CNVs) y regiones con pérdida de heterocigosidad (LOH), así como la detección de mutaciones somáticas en genes de cáncer.
- Genotipación (IPLEX Gold, Sequenom): Mediante su alta capacidad multiplex, hasta 40 ensayos por reacción y 384 muestras por chip, Sequenom permite la detección de variantes conocidas como sustituciones puntuales, inserciones o deleciones a nivel de DNA.
- Metilación (EpiTyper, Sequenom): Permite la detección y cuantificación de sitios y niveles de metilación en el DNA. De esta manera podemos realizar el estudio de hasta el 85% de islas CpG, discriminar entre muestras metiladas y no metiladas, identificar patrones de metilación o determinar semicuantitativamente las diferencias en el grado de metilación.
- Análisis de expresión de genes conocidos (Quantitative Gene Expression, Sequenom): Permite la cuantificación de ácidos nucleicos mediante PCR competitiva y protocolo iPLEX. Por lo tanto, nos permite poder validar los resultados de expresión de RNA obtenidos por microarrays, entre otras posibilidades.
Pulse sobre los distintos equipos para conocer en detalle sus características.
- Centrífuga eppendorf 5810R
- Centrífuga Thermo SCIENTIFIC SERVALL LEGEND MICRO 21
- Equipo de secuenciación Masiva NextSeq 1000
- Plataforma Sequenom MassARRAY
- Secuenciador automático AB3500 de Applied Biosystems
- Sistema de cuantificación por fluorescencia de librerías: Lector de microplacas GloMax
- Sistema de electroforesis automatizado: Blue Pippin
- Sistema GeneChip de Affymetrix
- Sistema preparación de librerías automatizado: epMotion 5075t de Eppendorf
- Termociclador Applied Biosystems GeneAmp PCR System 9700
- Termociclador Applied Biosystems Veriti 96 Well
Plataforma Sequenom MassARRAY
La tecnología MassARRAY se basa en la detección mediante espectrometría de masas MALDI-TOF de fragmentos de DNA generados por amplificación múltiple y extensión específica de un solo nucleótido (iPLEX y QGE) o por digestión con enzimas específicos para el corte en uracilos (EpiTYPER).
La plataforma incluye el siguiente equipamiento:
- Dispensador de Líquidos (Matrix): pipeteador automático de 96 canales para realizar las reacciones post-amplificación.
- Nanodispensador RS1000: dispensador de volúmenes en la escala de nanolitros desde placas de 384 pocillos a SpectroCHIPs.
- Analizador de Masas 4: espectrómetro de masas MALDI-TOF diseñado específicamente para las aplicaciones con la tecnología Sequenom MassARRAY.
- Software: Typer, EpiTYPER y QGE.
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Secuenciador automático AB3500 de Applied Biosystems
Secuenciador automático de 8 capilares que permite llevar a cabo aplicaciones basadas en electroforesis capilar.
La plataforma incluye el siguiente equipamiento y software:
- Applied Biosystems 3500 Genetic Analyzer: analizador genético de DNA mediante electroforesis capilar.
- Software: Sequencing Analysis (análisis de secuencias), SeqScape (comparación de secuencias con librerías, por ejemplo, alelos HLA o cepas de patógenos), VariantReporter (comparación de secuencias y análisis de mutaciones) y GeneMapper (análisis de fragmentos y genotipado).
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Sistema de cuantificación por fluorescencia de librerías: Lector de microplacas GloMax
No hay datos
Sistema GeneChip de Affymetrix
Mediante la plataforma de Affymetrix ponemos a disposición de los usuarios el equipamiento necesario para la hibridación, tinción y escaneado de los arrays de expresión de Affymetrix y ofrecemos soporte y asesoramiento técnico a aquellos usuarios que lo demanden.
La plataforma incluye el siguiente equipamiento y softwares:
- GeneChip® Hybridization Oven 645: Horno de Hibridación para las muestras de RNA al microarray mediante temperatura controlada y rotación.
- GeneChip® Fluidics Station 450: Estación fluídica para protocolos de lavado y tinción del microarray hibridado.
- GeneChip® Scanner: Escáner para la lectura de los datos de fluorescencia de los microarrays procesados.
- Software: GeneChip® Command Console® Software, Expression Console® Software y Affymetrix® Transcriptome Analysis Console (TAC) Software.
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Sistema preparación de librerías automatizado: epMotion 5075t de Eppendorf
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Termociclador Applied Biosystems GeneAmp PCR System 9700
No hay datos.
Con Carácter General
El servicio de genómica está dotado de personal técnico cualificado que lleva a cabo los experimentos solicitados y el mantenimiento de los equipos. Por ello, no requiere de la intervención por parte de los usuarios.
Por otra parte es imprescindible llevar a cabo una petición de trabajo mediante el uso del correo electrónico genomica-ibis@us.es, para poder gestionar el flujo de trabajo del Servicio.
Descarga AQUÍ las Normas de Uso de los Equipos.
Solicitud del Servicio
Usuario externo al IBiS:
- Solicitar información para el envío de muestras al correo electrónico genomica-ibis@us.es
- Una vez estén disponibles los resultados, el Servicio comunicará al usuario por correo electrónico el formato de envío de los mismos.
- Se ruega a todos los usuarios no enviar muestras sin previo conocimiento del Servicio.
Usuario IBiS:
- Rellenar la solicitud que se encuentra ubicada en el Tablón de Anuncios del servidor del IBiS y enviar al correo electrónico genomica-ibis@us.es
- El usuario preparará las muestras según indicaciones del técnico responsable del Servicio y las dejará en el Servicio, a -20ºC, perfectamente identificadas.
- Una vez estén disponibles los resultados, el Servicio lo comunicará al usuario por correo electrónico. Los resultados se depositarán en la carpeta de cada laboratorio en la red interna del IBiS.
- Se ruega a todos los usuarios no entregar muestras sin previo conocimiento del Servicio.
A continuación puede descargar las tarifas aplicables.
Para solicitar información al respecto puede dirigirse a la siguiente dirección de correo electrónico: genomica-ibis@us.es.
Tel. +34 955 923 000 | Fax +34 955 923 101 • Campus Hospital Universitario Virgen del Rocío • Avda. Manuel Siurot, s/n • 41013 Sevilla© IBiS Todos los derechos reservados
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