Genomics and Sequencing

Genomics and Sequencing

  1. Introduction
  2. Techniques
  3. Equipment
  4. Usage rules
  5. Prices
Genomics and Sequencing

The Genomics and Sequencing service provides experimental approaches generally used in the field of biomedicine, such as SNP genotyping, DNA sequencing by capillary electrophoresis, the study of RNA expression and DNA methylation studies, among other.

Location:1st Floor

Working hours:M-F: From 9 a.m. to 5 p.m. *

(*) Those experiments that need time past the established hours could be made prior knowledge of the technician in charge.

Sequenom

IPLEX Gold: based amplification reaction by PCR, single nucleotide extension and detection by MALDI-TOF.

  • Allows detection of known variants at the DNA level: point substitutions (SNPs and mutations) and insertions and deletions.
  • Multiplex high capacity, enabling the genotyping of SNPs in hundreds of thousands of samples.
  • Detección de mutaciones somáticas a baja frecuencia.
  • SNPs / genotyping markers are selected by the user. Sequenom panels also have pre-designed for the analysis of oncogenes (OncoCarta: 238 known mutations in 19 oncogenes) or polymorphisms demonstrated with significance in drug metabolism (192 mutations in 36 genes).

EpiTYPER: allows detection and quantification of methylation levels and sites at the DNA level, by combining the treatment with bisulfite, the reaction MassCLEAVE (specific cut into uracils) and MALDI-TOF.

  • Allows the study of up to 85% of CpG islands along regions of 600 bp.
  • Discrimination of methylated and unmethylated samples.
  • Identification of methylation patterns of individual CpG sites.
  • Semiquantitative determination of differences in the degree of methylation.

QGE (Quantitative Gene Expression): quantification of nucleic acids by PCR protocol competitive and IPLEX (amplification by PCR, single nucleotide extension and detection by MALDI-TOF).

  • Gene expression analysis known in multiplex form.
  • Validation of microarray results.
  • Allelotyping (allele specific expression).
  • Quantification of expression of splicing variants.
  • Quantification of amplifications or / deletions of genomic DNA.
  • Analysis of CNVs (Copy Number Variants).
  • Analysis or loss of heterozygosity (LOH).
  • Determination of viral load.

Affymetrix

  • Microarrays of RNA and microRNA expression in different species.
  • Microarrays de DNA (detección de alteraciones cromosómicas, genotipado de SNPs, etc).

Applied Biosystems

  • Sequencing of DNA samples from PCR or plasmids.
  • Capillary electrophoresis of microsatellite fragments or MLPA.
Click on the different equipment for details on features.
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Centrifuge eppendorf 5810R

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Centrifuge eppendorf 5810R
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Centrifuge Thermo SCIENTIFIC SERVALL LEGEND MICRO 21

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Centrifuge Thermo SCIENTIFIC SERVALL LEGEND MICRO 21
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Equipo de secuenciación Masiva NextSeq 1000

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Equipo de secuenciación Masiva NextSeq 1000
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Sequenom MassARRAY

Since the beginning of the service, in May 2011, has been running the MassARRAY platform. MassARRAY technology is based on detection by MALDI-TOF DNA fragments generated by amplification of specific extension manifold and a single nucleotide (and QGE IPLEX) or by digestion with specific enzymes for cutting uracils (EpiTYPER).

The platform includes the following equipment:

  • Liquid Handler (Matrix): automatic pipetter channels 96 for post-amplification reactions.
  • Nanodispenser RS1000: dispensing volumes in the nanoliter scale from 384 well plates to SpectroCHIPs.
  • MassArray Analyzer 4: mass spectrometer MALDI-TOF designed specifically for applications with Sequenom MassARRAY technology.
  • Software: Typer, EpiTYPER y QGE.
Sequenom MassARRAY
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Applied Biosystems 3500 Genetic Analyzer

Secuenciador automático de 8 capilares que permite llevar a cabo aplicaciones basadas en electroforesis capilar.

La plataforma incluye el siguiente equipamiento y software:

  • Applied Biosystems 3500 Genetic Analyzer: analizador genético de DNA mediante electroforesis capilar.
  • Software: Sequencing Analysis (análisis de secuencias), SeqScape (comparación de secuencias con librerías, por ejemplo, alelos HLA o cepas de patógenos), VariantReporter (comparación de secuencias y análisis de mutaciones) y GeneMapper (análisis de fragmentos y genotipado).
Applied Biosystems 3500 Genetic Analyzer
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Sistema de cuantificación por fluorescencia de librerías: Lector de microplacas GloMax

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Sistema de cuantificación por fluorescencia de librerías: Lector de microplacas GloMax
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Sistema de electroforesis automatizado: Blue Pippin

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Sistema de electroforesis automatizado: Blue Pippin
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Affymetrix GeneChip System

The platform includes the following equipment:

  • Fluidics Station
  • Hybridization Oven
  • Scanner
Affymetrix GeneChip System
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Sistema preparación de librerías automatizado: epMotion 5075t de Eppendorf

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Sistema preparación de librerías automatizado: epMotion 5075t de Eppendorf
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Therma Cycler Applied Biosystems GeneAmp PCR System 9700

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Therma Cycler Applied Biosystems GeneAmp PCR System 9700
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ThermoCycler Applied Biosystems Veriti 96 Well

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ThermoCycler Applied Biosystems Veriti 96 Well

Con Carácter General

El servicio de genómica está dotado de personal técnico cualificado que lleva a cabo los experimentos solicitados y el mantenimiento de los equipos. Por ello, no requiere de la intervención por parte de los usuarios.

Por otra parte es imprescindible llevar a cabo una petición de trabajo mediante el uso del correo electrónico genomica-ibis@us.es, para poder gestionar el flujo de trabajo del Servicio.

Descarga AQUÍ las Normas de Uso de los Equipos.

 

Solicitud del Servicio

Usuario externo al IBiS:

  1. Solicitar información para el envío de muestras al correo electrónico genomica-ibis@us.es
  2. Una vez estén disponibles los resultados, el Servicio comunicará al usuario por correo electrónico el formato de envío de los mismos.
  3. Se ruega a todos los usuarios no enviar muestras sin previo conocimiento del Servicio.

Usuario IBiS:

  1. Rellenar la solicitud que se encuentra ubicada en el Tablón de Anuncios del servidor del IBiS y enviar al correo electrónico genomica-ibis@us.es
  2. El usuario preparará las muestras según indicaciones del técnico responsable del Servicio y las dejará en el Servicio, a -20ºC, perfectamente identificadas.
  3. Una vez estén disponibles los resultados, el Servicio lo comunicará al usuario por correo electrónico. Los resultados se depositarán en la carpeta de cada laboratorio en la red interna del IBiS.
  4. Se ruega a todos los usuarios no entregar muestras sin previo conocimiento del Servicio.

Below you can download the applicable fees.

For information about fees and charges applicable to our services, please contact: genomica-ibis@us.es.