Proteomic

Contact details

Principal Investigator

Alberto Pascual BravoAlberto Pascual Bravo

Facility Manager

Marisa Mateos MartínMarisa Mateos Martín

Proteomic

  1. Introduction
  2. Techniques
  3. Equipment
  4. Usage rules
  5. Prices
Proteomic

El Servicio de Proteómica es una unidad especializada en la separación, identificación, cuantificación y caracterización de proteínas y otras biomoléculas en sistemas de interés biológico y biomédico mediante técnicas de espectrometría de masas. El servicio ofrece asesoramiento científico y soporte técnico tanto a investigadores del IBiS como a investigadores de otros centros públicos o privados.

Location:Planta Baja

Working hours:L-V: De 9:00 a 17:00 *

(*) Those experiments that need time past the established hours could be made prior knowledge of the technician in charge.

  • Identificación de proteínas mediante nESI-MS/MS de muestras purificadas (purificaciones cromatográficas, spots de geles bidimensionales) y mezclas complejas (bandas mayoritarias de geles SDS-PAGE, fracciones cromatográficas relativamente purificadas, inmunoprecipitaciones, orgánulos subcelulares o extractos totales de células).
  • Identificación de otras biomoléculas mediante espectrometría de masas.
  • Digestión enzimática, desalado y concentración de las manchas proteicas a partir de geles de 2-DE o SDS-PAGE (1-D) o proteínas en solución.
  • Cuantificación relativa o análisis comparativo de proteínas mediante:
    • Label free quantification (LFQ)
    • Marcaje isobárico diferencial SILAC, iTRAQ 4plex, 8 plex y TMT 2 plex, 6 plex y 10 plex.
  •  Cuantificación absoluta de proteínas mediante AQUA-péptidos.
  •  Caracterización de modificaciones postraduccionales en proteínas.
    • Análisis de fosforilaciones con enriquecimiento de los fosfopéptidos con columnas de TiO2.
  •  Búsqueda e identificación de proteínas mediante secuencia de péptidos y secuenciación de novo.
  •  Proteómica dirigida. PRM (Paralell reaction monitoring).
  • Proteómica de interacción proteína-ligando.
  • Análisis bioinformático.
Click on the different equipment for details on features.
View other equipment

AKTA Purifier FPLC System

AKTA es un sistema de cromatografía líquida de alta resolución diseñado para la separación y purificación rápida y fiable de proteínas, con una velocidad de flujo 0,001 -10 ml / min a presiones de hasta 25 MPa.

AKTA Purifier FPLC System
View other equipment

Cromatógrafo líquido HPLC-DAD Agilent 1260 Infinity II

Sistema de Cromatografía Líquida de Alta Eficacia (HPLC) con bomba cuaternaria, detector UV-Vis Diodo-Array y colector de fracciones.

Cromatógrafo líquido HPLC-DAD Agilent 1260 Infinity II
View other equipment

Sistema completo para Electroforesis Bidimensional (Electroforesis 2D), y Electroforesis Bidimensional Ettan–DIGE (Electroforesis 2D-DIGE)

La electroforesis bidimensional es una técnica de alta resolución para la separación de mezclas complejas de proteínas.

Durante la electroforesis bidimensional las proteínas son separadas secuencialmente por dos criterios físicos: en primer lugar en función de su punto isoeléctrico, y a continuación, según su masa molecular. Finalmente las proteínas separadas son procesadas para su tinción (Coomassie o Sypro).

En el caso de la técnica 2D-DIGE, se utilizarán fluoróforos CyDye DIGE La adquisición de imágenes se llevara a cabo en el sistema Typhoon 4100 para escaneado de geles. Posteriormente los spots seleccionados serán identificados por espectrometría de masas.

Sistema completo para Electroforesis Bidimensional (Electroforesis 2D), y Electroforesis Bidimensional Ettan–DIGE (Electroforesis 2D-DIGE)
View other equipment

Sistema integrado de Espectrómetro Q Exactive plus Orbitrap y nano-HPLC Easy-nLC 1000 de Thermo Scientific

Consiste en una cromatografía líquida acoplada a un espectrómetro de masas híbrido formado por dos analizadores, un cuádruplo, acoplado a un analizador de masas electrostático de alta resolución, denominado Orbitrap.  

El sistema de cromatografía permite trabajar a flujos de nanolitros/min en cromatografía multidimensional aconsejable para el análisis automatizado de proteomas complejos.

El analizador Orbitrap ofrece una alta resolución (del orden de 280.000 FWHM) y una mayor sensibilidad que los equipos tradicionales. Esto permite la detección de proteínas que se encuentren en bajas concentraciones así como analizar mezclas de proteínas más complejas y una mayor precisión en la determinación de la masa de los fragmentos analizados.

Dispone de un dispositivo de fragmentación HCD, con un rango de masas de 50 -6000 m/z.

Sistema integrado de Espectrómetro Q Exactive plus Orbitrap y nano-HPLC Easy-nLC 1000 de Thermo Scientific

PREPARACIÓN y ENVÍO DE MUESTRAS

Las muestras pueden ser entregadas en solución, liofilizadas o en gel junto con una descripción de las mismas. Éstas deben estar preparadas con reactivos de grado analítico o agua milliQ y contenidas en plásticos de alta calidad.

 

  • Muestras procedentes de gel

Las muestras procedentes de gel deben manipularse con extremo cuidado para evitar contaminación con queratinas, que suelen proceder de manos, pelo y ropa de tejido animal, o con otros contaminantes que posteriormente puedan interferir en el análisis mediante espectrometría de masas.

Para el recorte de las bandas o spots se debe utilizar material, bisturí, pinzas o puntas desechables recortadas convenientemente, completamente limpio. Una vez recortadas, se colocarán en tubos eppendorf de 1,5 mL cubiertas de agua milliQ y perfectamente identificadas. Para prevenir cualquier tipo de contaminación, este proceso se llevará a cabo en una cabina de flujo horizontal. En el servicio hay disponible una cabina de flujo horizontal a disposición de los usuarios.

El grosor de los geles no deberá sobrepasar 1 mm y el porcentaje de acrilamida no excederá del 12% (recomendamos 10% de acrilamida). Se recomienda polimerizar el gel al menos 24 h antes de su uso para evitar acrilamida libre, no polimerizada, que puede reaccionar con los grupos amino de las proteínas durante la electroforesis en el gel.

Siempre deben incluirse en el gel marcadores de peso molecular. La tinción del gel puede llevarse a cabo con Commassie, sypro o tinción de plata compatible con espectrometría de masas. Las soluciones de tinción deben ser frescas.

Una vez teñidos, los geles se conservan durante algunas semanas en agua mili Q a 4ºC. Los geles así conservados pueden entregarse en el laboratorio junto con una imagen de los mismos donde se señalen aquéllas proteínas que se quieren analizar.

  • Muestras en solución

Las muestras se enviarán preferentemente liofilizadas, junto con una descripción de las mismas incluyendo procedencia, cantidad aproximada y la composición de la solución en la que estaban (tampones, sales, posibles contaminantes tipo DNA, lípidos, etc.).

En caso de no enviarse liofilizadas se incluirá la concentración de proteína y el volumen en el que se encuentra. En este último caso, las muestras deberán enviarse en frío o congeladas.

Algunos disolventes pueden interferir en la identificación de proteínas, e incluso algunos no son actos para espectrometría de masas. Es importante usar reactivos de alta pureza para la preparación de las muestras y especificar la composición del disolvente evitando en la medida de lo posible detergentes y sales.

ENTREGA DE RESULTADOS

Los resultados de los análisis solicitados se enviarán por correo electrónico o se recogerán en el laboratorio de Proteómica.

El plazo de entrega de los resultados dependerá de la carga de trabajo del Servicio, así como de las características del análisis solicitado.

Below you can download the applicable fees.

For information about fees and charges applicable to our services, please contact: proteomica-ibis@us.es.