Proteómica

Datos de contacto

Científico Responsable

Alberto Pascual BravoAlberto Pascual Bravo

Técnico Responsable

Marisa Mateos MartínMarisa Mateos Martín

Proteómica

  1. Presentación
  2. Técnicas
  3. Equipamiento
  4. Normas de uso
  5. Tarifas
Proteómica

El Servicio de Proteómica es una unidad especializada en la separación, identificación, cuantificación y caracterización de proteínas y otras biomoléculas en sistemas de interés biológico y biomédico mediante técnicas de espectrometría de masas.

El servicio ofrece asesoramiento científico y soporte técnico tanto a investigadores del IBiS como a investigadores de otros centros públicos o privados.

Ubicación:Planta Baja

Horario:L-V: De 9:00 a 17:00 *

(*) Aquellos experimentos que requieran tiempo fuera del horario establecido se podrán realizar previo conocimiento del técnico responsable.

  •  Identificación de proteínas y otras biomoléculas mediante nLC-MS/MS.
  •  Identificación de modificaciones postraduccionales.
  •  Proteómica de expresión diferencial mediante:
  •  Label free quantification (LFQ)
  •  Marcaje isobárico diferencial iTRAQ y TMT.
  •  Cuantificación absoluta de proteínas mediante AQUA-péptidos.
  •  Proteómica dirigida. PRM (Paralell reaction monitoring).
Pulse sobre los distintos equipos para conocer en detalle sus características.
  •  HPLC-DAD Agilent 1260 Infinity II
  •  nano-LC easy-nLC 1000 Thermo Scientific
  •  Espectrómetro de masas Q Exactive Plus Orbitrap Thermo Scientific
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AKTA Purifier FPLC System

AKTA es un sistema de cromatografía líquida de alta resolución diseñado para la separación y purificación rápida y fiable de proteínas, con una velocidad de flujo 0,001 -10 ml / min a presiones de hasta 25 MPa.

AKTA Purifier FPLC System
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Cromatógrafo líquido HPLC-DAD Agilent 1260 Infinity II

Sistema de Cromatografía Líquida de Alta Eficacia (HPLC) con bomba cuaternaria, detector UV-Vis Diodo-Array y colector de fracciones.

Cromatógrafo líquido HPLC-DAD Agilent 1260 Infinity II
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Sistema completo para Electroforesis Bidimensional (Electroforesis 2D), y Electroforesis Bidimensional Ettan–DIGE (Electroforesis 2D-DIGE)

La electroforesis bidimensional es una técnica de alta resolución para la separación de mezclas complejas de proteínas.

Durante la electroforesis bidimensional las proteínas son separadas secuencialmente por dos criterios físicos: en primer lugar en función de su punto isoeléctrico, y a continuación, según su masa molecular. Finalmente las proteínas separadas son procesadas para su tinción (Coomassie o Sypro).

En el caso de la técnica 2D-DIGE, se utilizarán fluoróforos CyDye DIGE La adquisición de imágenes se llevara a cabo en el sistema Typhoon 4100 para escaneado de geles. Posteriormente los spots seleccionados serán identificados por espectrometría de masas.

Sistema completo para Electroforesis Bidimensional (Electroforesis 2D), y Electroforesis Bidimensional Ettan–DIGE (Electroforesis 2D-DIGE)
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Sistema integrado de Espectrómetro Q Exactive plus Orbitrap y nano-HPLC Easy-nLC 1000 de Thermo Scientific

Consiste en una cromatografía líquida acoplada a un espectrómetro de masas híbrido formado por dos analizadores, un cuádruplo, acoplado a un analizador de masas electrostático de alta resolución, denominado Orbitrap.  

El sistema de cromatografía permite trabajar a flujos de nanolitros/min en cromatografía multidimensional aconsejable para el análisis automatizado de proteomas complejos.

El analizador Orbitrap ofrece una alta resolución (del orden de 280.000 FWHM) y una mayor sensibilidad que los equipos tradicionales. Esto permite la detección de proteínas que se encuentren en bajas concentraciones así como analizar mezclas de proteínas más complejas y una mayor precisión en la determinación de la masa de los fragmentos analizados.

Dispone de un dispositivo de fragmentación HCD, con un rango de masas de 50 -6000 m/z.

Sistema integrado de Espectrómetro Q Exactive plus Orbitrap y nano-HPLC Easy-nLC 1000 de Thermo Scientific

PREPARACIÓN y ENVÍO DE MUESTRAS

La solicitud del análisis de proteómica debe realizarse a través de la Plataforma de Proteómica, mediante reserva de la franja horaria en la que se hará entrega de las muestras. Dentro de esta

reserva, se encuentra la hoja de solicitud de análisis, que se debe cumplimentar correctamente incluyendo todos los apartados disponibles.

Las muestras pueden ser entregadas en solución, liofilizadas o en gel. Éstas deben estar preparadas con reactivos de alta pureza compatibles con la espectrometría de masas o agua milliQ y contenidas en plásticos de alta calidad.

  • Muestras procedentes de gel

Las muestras procedentes de gel deben manipularse con extremo cuidado para evitar contaminación con queratinas, que suelen proceder de manos, pelo y ropa de tejido animal, o con otros contaminantes que posteriormente puedan interferir en el análisis.

Para el recorte de las bandas o spots se debe utilizar material, bisturí, pinzas o puntas desechables recortadas convenientemente, completamente limpio. Una vez recortadas, se colocarán en tubos eppendorf de 1,5 mL cubiertas de agua milliQ y perfectamente identificadas. Para prevenir cualquier tipo de contaminación, este proceso se llevará a cabo en una cabina de flujo horizontal. En el servicio hay disponible una cabina de flujo horizontal a disposición de los usuarios.

El grosor de los geles no deberá sobrepasar 1 mm y el porcentaje de acrilamida no excederá del 12% (recomendamos 10% de acrilamida). Se recomienda polimerizar el gel al menos 24 h antes de su uso para evitar acrilamida libre, no polimerizada, que puede reaccionar con los grupos amino de las proteínas durante la electroforesis en el gel.

Siempre deben incluirse en el gel marcadores de peso molecular. La tinción del gel puede llevarse a cabo con Commassie, sypro o tinción de plata compatible con espectrometría de masas. Las soluciones de tinción deben ser frescas.

Una vez teñidos, los geles se conservan durante algunas semanas en agua mili Q a 4ºC. Los geles así conservados pueden entregarse en el laboratorio junto con una imagen de los mismos donde se señalen aquéllas proteínas que se quieren analizar.

 

ENTREGA DE RESULTADOS

Los resultados de los análisis solicitados se enviarán por correo electrónico o se recogerán en el laboratorio d Proteómica.

El plazo de entrega de los resultados dependerá de la carga de trabajo del Servicio, así como de las características del análisis solicitado.

A continuación puede descargar las tarifas aplicables.

Para solicitar información al respecto puede dirigirse a la siguiente dirección de correo electrónico: proteomica-ibis@us.es.