IBiS

Licencia on-line de cuantificación y análisis de imágenes Nikon NIS-ELEMENTS AR

• Herramientas de procesamiento de imágenes:
• Ajuste del color: ajuste del contraste, substracción del fondo y mezcla de los componentes de la imagen entre otros.
• Filtros: filtros de suavización, perfilado, detección de bordes, etc.
• Filtros Morfológicos: erosión, dilatación, funciones de separación morfológica, funciones de rellenado (rellenar agujeros, etc.) y otras (bordes, zonas de influencia, etc.).
• Solapamiento de canales ("Merge Channels"): la función "Merge Channels" permite la creación de una imagen fusionada a partir de diferentes imágenes capturadas con diferentes filtros ópticos y bajo diferentes configuraciones de cámaras. Combina planos de color guardados en archivos separados para formar una imagen RGB.

• Aritmética de imágenes: suma, resta, máximo y mínimo en imágenes en color.
• Solapamiento de imágenes en el plano Z (proyección máxima, mínima etc.).

• ​Funciones de medida:
• Perfiles de intensidad interactivos, con cinco tipos de perfiles a elegir: línea libre, línea entre dos puntos, línea horizontal, línea vertical y poli-línea.
• Medidas de intensidad en el tiempo, tanto en imágenes fluorescencia como para campo claro, contraste de fases, Hoffman o Nomarski DIC. Estas medidas pueden realizarse en una o varias zonas de la muestra al mismo tiempo y pueden ser llevadas a cabo directamente en la imagen en vivo.
• Medidas interactivas: área, perímetro, distancias horizontales, verticales y arbitrarias, ángulos, contaje y clasificación de estructuras.
• Medidas automáticas. NIS-ELEMENTS permite medir automáticamente alrededor de 30 parámetros diferentes de la muestra incluyendo medidas de longitud, área, forma, uniformidad, densidad y parámetros colorimétricos.

• Todas las medidas pueden ser exportadas fácilmente a Excel.

• Deconvolución.

La adaptación del software a aplicaciones específicas es posible mediante la grabación y ejecución de macros. Adicionalmente NIS-ELEMENTS AR permite mediante un potente lenguaje de programación poder crear aplicaciones nuevas o modificar las existentes en el propio software.

Microdisector láser MMI-SLML sobre microscopio de fluorescencia invertido Nikon ECLIPSE TE2000-S

Sistema equipado para la visualización de imágenes en campo claro, dispone de contraste de fases, de fluorescencia y microdisección de fracciones de tejido.

Objetivos: 4x, 10x, 20x, 40x.

Filtros: DAPI, GFP, TRITC, FITC.

[2ª Planta]

Microscopio confocal de barrido por láser espectral Leica TCS-SP2-AOBS

Posee láseres con las líneas de excitación 405, 458, 476, 488, 496, 514, 561, 594 y 633 nm.

Filtro AOTF (permite ajustar la potencia de láseres).

Filtro AOBS (permite mayor libertad de selección de recogida de emisión).

Objetivos 2.5x, 10x, 50x, 20x Glyc, 63x Glyc, 40x Oil, 63x Oil

Detección de 4 canales de fluorescencia y 1 canal de luz transmitida

Software de adquisición y análisis de imagen (FRAP, FRET, Multicolor Package, Materials Package, Physiology, 3D Visualization).

Sistema de incubación para la temperatura y CO₂.

[1ª Planta]

Microscopio confocal de reflexión y/o de fluorescencia espectral de barrido LEICA Stellaris 8

Microscopio confocal espectral de barrido por láser de alta velocidad y alta sensibilidad, basado en microscopio invertido con la tecnología de láser blanco, FLIM, y super-resolución Lightning.

• Microscopio DMi8 motorizado
• Láseres
• Diodo azul, línea de excitación 405 nm (DAPI y Hoechst)
• Láser de estado sólido SSL, línea de excitación 488 nm
• Láser blanco WLL, líneas de excitación en el rango 440-790 nm (cualquier fluoróforo en este rango)
• Lámparas de visualización
• LED de luz blanca
• LED de luz de varias bandas (405, 488, 568, 633)
• Filtro AOTF (acústico-óptico sintonizable que permite ajustar la potencia de láseres).
• Filtro AOBS (acústico-óptico sintonizable que sustituye el sistema de filtros y permite mayor libertad de selección de emisión de fluoróforos).
• Objetivos
• HC PL APO 10x/0.40 W.D. 2,2 mm
• HC PL FLUOTAR 20x/0.75 W.D. 0,62 mm
• HC PL APO 20x/0.75 Imm W.D. 0,67 mm
• HCX PL APO 40x/0.95 W.D. 0,17 mm
• HCX PL APO 63x/1.30 Glyc W.D. 0.30 mm
• HCX PL APO 63x/1.40-0.60 Oil W.D. 0.14 mm
• Detección por fotomultiplicadores de alta sensibilidad: 3 HyD S , 1 HyD X y 1 detector de luz transmitida.
• 4 canales espectrales de fluorescencia

-  Intervalo de longitudes de onda de detección: 350 – 850 nm

• 1 canal de luz transmitida
• Modo de trabajo Photon Counting de detectores para diferenciar el tiempo de vida de fluorescencia
• Detección por tiempos de vida de fluorescencia, FLIM. Se puede distinguir distintos fluoróforos con la misma excitación, pero distinto tiempo de vida de fluorescencia
• Sistema de barrido galvanométrico, con la resolución de hasta 8096 x 8096 píxeles y hasta 10 imágenes/s con la resolución 512 x 512
• Sistema de barrido resonante, con la resolución de hasta 2496 x 2496 píxeles y hasta 28 imágenes/s con la resolución 512 x 512
• Técnicas de contraste interferencial de Nomarski
• Platina XYZ motorizada de alta precisión y velocidad
• Sistema de corrección de foco por reflexión (AFC).
• Sistema de autoenfoque por software “Best focus”
• Sistema de detección de super-resolución Lightning, resolución hasta 120 nm en XY
• Cámara de perfusión RC-47FLSP para experimentos con estimulación de campo eléctrico
• Software de adquisición de imagen
• FRAP, FRET, FLIM/FRET
• Software de análisis de imagen
• Multicolor Package
• Physiology (in vivo cell imaging)
• 3D Visualization (stereo images, animations, slicing)
• Materials Package (Análisis de superficie y de rugosidad)
• Sistema de incubación para la temperatura, O₂ y CO₂
• Posibilidad de experimentos in vivo con perfusión.
• Cámara digital de captura de imagen en color FLEXACAM C1.

Microscopio de campo claro y/o de fluorescencia de alta velocidad de adquisición en los 3 ejes, basado en microscopio invertido, además con la tecnología de aclaramiento computacional Thunder

Sistema de microscopio de campo claro y/o de fluorescencia de alta velocidad de adquisición en los 3 ejes basado en un microscopio invertido con la tecnología de aclaramiento computacional y Thunder

• Microscopio invertido DMi8 motorizadopara generar imágenes Widefield y correlacionarlas con imágenes confocales, de Super-resolución y FLIM.
• Lámparas
• Luz blanca por LED
• Fuente de iluminación de fluorescencia tipo LED con 8 líneas de excitación (8 LEDs independientes (395, 438, 475, 511, 555, 575, 635, 730nm), aproximadamente 200 mW de potencia por banda).
• Sistema de corrección de enfoque Leica AFC (Adaptive Focus Control) que mantiene automáticamente la distancia del objetivo al cubre.
• Platina de alta precisión Quantum HS, con motores lineales de posicionamiento directo en dos ejes y medición absoluta de la posición, que combina una velocidad de movimiento sin precedentes con la máxima calidad en imagen gracias a su algoritmo de movimiento optimizado para una máxima suavidad, sin vibraciones.
• Objetivos
• N PLAN 5x/0.12  PH, BF, Fluo
• HC PL FL 10x/0.32 PH, BF, Fluo
• HC PL APO 20x/0.80 mm PH, BF, Fluo
• HCX PL APO 40x/0.95 W.D. 0,17 mm BF, Fluo
• HCX PL APO 100x/1.40-0.60 Oil W.D. 0.14 mm BF, Fluo

• La configuración incluye dos cámaras digitales:
• CÁMARA LEICA monocromática K5. Sensor sCMOS B/N de 2048x2048 píxeles, tamaño del píxel 6,5 micras
• CÁMARA LEICA en color DMC 5400. Sensor CMOS color de 5472 x 3648 píxeles (20 MP), tamaño del píxel 2,4 micras

• Software de imagen Las X con aclaramiento computacional THUNDER
• Adquisición multidimensional: Imagen multicanal, time lapse, series en Z, múltiples posiciones de platina y realización de mosaicos, permitiendo la adquisición de series en XYZTln (n= múltiples posiciones de platina) y realización de mosaicos, las distintas dimensiones de adquisición pueden combinarse libremente entre sí y con estrategias de autofoco (AFC, autofoco por imagen o ambos).

Microscopio de fluorescencia directo Olympus BX-61

Sistema equipado para la adquisición de imágenes en campo claro, contraste interferencial de Nomarski, y de fluorescencia.

Objetivos 2x, 4x, 10x, 20x, 40x, 100x Oil

Filtros DAPI, FITC, TRITC.

[1ª Planta - área Neurociencias]

Microscopio de fluorescencia directo Olympus BX-61 para estereología (CAST GRID)

Equipo de estereología para mediciones cuantitativas eficientes, reproducibles y no sesgadas. CAST permite la estimación de:

• Número de células y estructuras mediante el disector óptico.

• Longitudes de estructuras y de contornos de superficies: mediante el estimador de segmentos de líneas y de líneas.

• Areas: mediante el estimador de puntos (principio de Cavalieri), de segmentos de líneas, de marcos de contaje, de cicloides y de líneas.

• Volúmenes (total, fracciones y local): mediante el estimador de puntos (principio de Cavalieri), de segmentos de líneas y de líneas.

• Además permite la integración de todos los estimadores (sondas geométricas) sobre la misma muestra en imagen en vivo.

Microscopio de fluorescencia directo con motorizaciones de los ejes X, Y, Z.

Objetivos 2x, 4x, 10x, 20x, 40x, 100x Oil

Filtros DAPI, FITC, TRITC.

[2ª Planta]

Microscopio de fluorescencia directo Olympus BX-61 para estereología (NewCAST)

Equipo de estereología para mediciones cuantitativas eficientes, reproducibles y no sesgadas. CAST permite la estimación de:

• Número de células y estructuras: mediante el disector óptico.

• Longitudes de estructuras y de contornos de superficies: mediante el estimador de segmentos de líneas y de líneas.

• Areas: mediante el estimador de puntos (principio de Cavalieri), de segmentos de líneas, de marcos de contaje, de cicloides y de líneas.

• Volúmenes (total, fracciones y local): mediante el estimador de puntos (principio de Cavalieri), de segmentos de líneas y de líneas.

• Permite la integración de todos los estimadores (sondas geométricas) sobre la misma muestra en imagen en vivo.

Además tiene control de motorización en eje Z /(X/Y) para uso del disector óptico.

Adquisiciones de Super imágenes (barrido de todo el portaobjetos).

Almacenamiento de imágenes para archivo y su posterior modificación.

Medición de longitudes, ángulos, diámetros, radios, etc. con cambio de unidades.

Microscopio de fluorescencia directo con motorizaciones de los ejes X, Y, Z.

Objetivos 2x, 4x, 10x, 40x, 60x Oil, 100x Oil

Filtros DAPI, FITC, TRITC.

Fuente de iluminación tipo LED Precis Excite, con lámpara precentrada de larga duración.

[1ª planta]

Microscopio de fluorescencia invertido Olympus IX-71

Sistema equipado para la adquisición de imágenes en campo claro, contraste de fases y de fluorescencia.

Objetivos 4x, 10x, 20x, 40x, 60x.

Filtros DAPI, FITC, TRITC.

[1ª Planta - área Neurociencias]

Microscopio motorizado con sistema de iluminación múltiple a tiempo real

Basado en la tecnología DMD (Digital Mirror Device), el equipo Andor Mosaic 3 permite la iluminación activa de múltiples áreas de interés simultáneamente. Ello permite al equipo ser utilizado para técnicas de iluminación dinámica de la muestra. El módulo DMD se encuentra compuesto por un array de 800 x 600 micro espejos. El software NIS-Elements, al definir uno o varios ROI de cualquier tamaño o forma en la imagen, permite variar el ángulo de inclinación de los micro-espejos correspondientes a esas áreas con lo que se consigue iluminar únicamente esas áreas de la imagen.

• Microscopio directo motorizado en Z Nikon Eclipse Ti-E.

• Sistema de iluminación para Andor Mosaic 3
• Sistema de iluminación con 4 LED para la visualización de DAPI (azul), GFP/FITC (verde), TRITC/TxRed (rojo) y Cy5 (Infrarrojo). Longitudes de onda de 365, 470, 535 y 635 nm
• Sistema de iluminación con 3 LED para la visualización de DAPI, GFP/FITC y DSRed y Cy5. Longitudes de onda de 365, 470, 510-640 nm

• ​Cámara digital ultra rápida Andor Ixon Ultra 897

• Objetivos
• Plan Fluor 10x/0.30 W.D. 16 mm
• Plan Fluor 20x/0.45 ELWD 8.2-6.9 mm
• Plan Fluor 40x/0.60 ELWD 3.6-2.8 mm
• Plan Apo  60x/1.4 oil W.D. 0.13mm

• Software de control Nikon NIS-Elements AR.

• •Juego de filtros específicos de alta transmisión para DAPI, FITC y Texas Red.

Microscopios de fluorescencia directos Olympus BX-61

Sistema equipado para la adquisición de imágenes en campo claro, contraste interferencial de Nomarski, y de fluorescencia.

Objetivos 4x, 10x, 20x, 40x, 60x Oil, 100x Oil.

Filtros DAPI, FITC, TRITC, WGr (de banda ancha de emisión, sólo en el de la 1 planta).

Fuente de iluminación tipo LED Precis Excite, con lámpara precentrada de larga duración.

Software de adquisición y análisis de imagen CellSens Dimension.

Análisis de imagen intuitivo para aplicaciones biomédicas en microscopia integrando control de cámaras y microscopio motorizado y adquisición de imagines con autofocus, mediciones interactivas, edición, visualizar simultáneamente múltiples imagines y la imagen en vivo del microscopio, función zoom de imagen.

Posibilidad de adquisición en Z y experimentos de time-lapse.

[1ª Planta]  [2ª Planta]

Microscopios de fluorescencia invertidos Olympus IX-71

Sistema equipado para la adquisición de imágenes en campo claro, contraste interferencial de Nomarski, y de fluorescencia.

Objetivos 10x, 20x, 40x, 60x, 100x Oil.

Filtros DAPI, FITC, TRITC.

Fuente de iluminación tipo LED Precis Excite, con lámpara precentrada de larga duración.

Software de adquisición y análisis de imagen CellSens Dimension.

Análisis de imagen intuitivo para aplicaciones biomédicas en microscopia integrando control de cámaras, mediciones interactivas, edición, visualización simultánea de múltiples imágenes y la imagen en vivo, función zoom de imagen.

Posibilidad de realización de experimentos de time-lapse.

[1ª planta] [2ª planta]

Sistema cariotipador mediante FISH basado en Olympus BX-51

2ª Planta

Sistema de microscopía confocal de barrido de alta velocidad y alta resolución Nikon A1R+, con el sistema de super-resolución STORM y con el sistema TIRF

• Microscopio invertido motorizado Nikon Eclipse Ti-E.
  • Módulo de iluminación TIRF.
  • Enfoque con sistema de autocorrección por infrarrojos (para 10x, 60x y 100x)
• ​Láseres
  • Diodo violeta, línea de excitación 405 nm (DAPI y Hoechst)
  • Argón, líneas de excitación 457, 477, 488, 514 nm (CFP, FITC, GFP e YFP, etc.)
  • Diodo amarillo, línea de excitación 561 nm (Cy3, Texas Red, etc.)
  • Diodo rojo, línea de excitación 638 nm (Cy5, etc.)
• Filtro AOTF (acústico-óptico sintonizable que permite ajustar la potencia de láseres)

• Objetivos.
  • PLAN APO 10x/0.45 W.D. 4 mm
  • PLAN FLUOR 20x/0.75 Multi Inmersión.
  • PLAN APO 60x/1.40 Oil W.D. 0.13 mm
  • APO TIRF 100x/1.49 Oil W.D. 0.12 mm
• Módulo de barrido espectral dual resonante.
  • Módulo de escaneo galvanométrico (hasta 4096x4096, rotación hasta 360º)
  • Módulo de escaneo resonante (max 15.600 lin/s, 512x512 30 fr/s)
• Módulos de detección.
  • Detección motorizada mediante filtros.
    • · 4 canales fotomultiplicadores.
    • · 2 de ellos son del tipo GaAsP de elevada eficiencia cuántica.
  • 1 canal de luz transmitida.
    • · Intervalo de longitudes de onda: 450 – 650 nm
  • Módulo de detección espectral.
  • Sistema de detección multianódico de 32 canales.
  • Intervalo de longitudes de onda de detección: 400 – 750 nm
• Cámara digital en color (resolución máxima 2.560 x 1.920 píxeles).

• Software de adquisición de imagen.
  • FRAP, FRET.
• Software de análisis de imagen.
  • Multicolor Package.
  • Módulo de enfoque en profundidad extendido.
  • Software de control Nikon NIS-Elements C
  • Physiology (in vivo cell imaging)
  • 3D Visualization (stereo images, animations, slicing)
  • Materials Package (Análisis de superficie y de rugosidad)
• ​Sistema de control ambiental de las muestras OKOLAB H201 para la temperatura, humedad, O2 y CO2

• Posibilidad de experimentos in vivo con perfusión.

• Sistema de super-resolución STORM: Permite la adquisición de imágenes una resolución espacial en XY de 20 nm y 50 nm en Z. La técnica STORM utiliza fluoróforos fotoactivables que son activados y desactivados de forma aleatoria mediante luz de diferentes longitudes de onda para identificar la posición de cada fluoróforo aisladamente de una forma altamente precisa. El equipo STORM permite trabajar con pares de fluoróforos “Activador / reporter”, siendo el reporter Alexa 647. La imagen final se consigue mediante la superposición de las imágenes obtenidas en cada ciclo. La excepcional resolución óptica obtenida en la imagen final es posible debido a la localización altamente precisa (de hasta 1 nanómetro) de las diferentes moléculas fluorescentes de la muestra.

• Sistema de iluminación láser.
  • Láser de 405 nm y potencia a la salida de la fibra de 20mW
  • Láser de 488 nm y potencia a la salida de la fibra de 50mW
  • Láser de 561 nm y potencia a la salida de la fibra de 50mW
  • Láser de 647 nm y potencia a la salida de la fibra de 125mW
• Cámara digital de captura de imagen Andor Ixon3 897