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Datos de contacto

Científico Responsable

Ana Rojas Mendoza Ana Rojas Mendoza

Técnico Responsable

Juan Antonio Cordero VarelaJuan Antonio Cordero Varela

Bioinformática y Biología Computacional

  1. Presentación
  2. Técnicas
  3. Equipamiento
  4. Normas de uso
  5. Tarifas

La unidad de bioinformática y biología computacional tiene como objetivo proporcionar, tanto a grupos de investigación del IBiS como a organizaciones externas, servicios de asesoramiento, planificación, procesamiento y análisis de datos a gran escala, fundamentalmente genómicos, así como el acceso al clúster de computación de alto rendimiento del centro.

Ubicación:2ª Planta

Horario:L-V: De 9:00 a 17:00 *

(*) Aquellos experimentos que requieran tiempo fuera del horario establecido se podrán realizar previo conocimiento del técnico responsable.

  • Transcriptómica (RNA-Seq, Chip-Seq, microarrays y PCR cuantitativa).
    • Preprocesado de datos y análisis de calidad de las muestras: análisis de imagen, normalización de los datos, clustering de las muestras, análisis comparativo de distribución de intensidades, entre otras técnicas.
    • Análisis de expresión diferencial de genes.
    • Análisis de enriquecimiento funcional.
      • Gene ontology (GO).
      • Rutas metabólicas (KEGG).
      • Rutas de señalización.

 

  • Proteómica (iTRAQ)
    • Preprocesado de datos y análisis de calidad de las muestras.
    • Análisis de expresión diferencial.
    • Análisis de modificaciones posttraducionales.
    • Análisis de enriquecimiento funcional.

 

  • Anotación funcional de proteínas.
    • Alineamiento de múltiple de secuencias.
    • Estudio de ortología.
    • Comparación y modelamiento de estructura proteica.
    • Análisis filogenético.

 

Pulse sobre los distintos equipos para conocer en detalle sus características.

Nodo Cabeza

 

  • 2 Processors Xeon Ivy Bridge E5-2630 V2 2,6 six cores (Hiper Threading), 15 Mb cache and 7,2 GT/s.
  • X9DRi-LN4F+ cmotherboard, VGA Matrox G200eW, 12 Hot Swap, 3 PCI-E 3.0 x16, 1 PCI-E 3.0 x8, 4 Gigabit Ethernet cards, IPMI 2.0 for KVM over.
  • 1 Mellanox Infiniband card (FDR 56 Gb/s).
  • 32 RAM DDR3/1600 Mhz ECC Reg.
  • 2 x SSD 120 disks (RAID 1).
  • 6 x 4 TB disks (Seagate 7200 rpm, 128 Mb, 6GT/s How Swap , 20 TB RAID5).
  • LSI 2108 Raid controller 0, 1, 5, 6, 10, 50, 60.
Nodo Cabeza

Nodos de Computación

 

  • 18 Processors Xeon Ivy Bridge E5-2630 V2 2,6 eight cores (Hiper Threading), 20 Mb cache and 7,2 GT/s.
  • 8 Intel Server S2600WP motherboard (Washington Pass), 1 PCI-E x16 Low Profile.
  • 8 Mellanox Infiniband network cards (FDR 56Gb/s).
  • 768 RAM DDR3/1600 Mhz ECC Reg.
  • 8 SSD 120 disks.
Nodos de Computación

CON CARACTER GENERAL

  • Los análisis solicitados, así como el mantenimiento de los equipos, quedas limitados exclusivamente al personal del servicio. Para el uso de los recursos computacionales del clúster, se ruega contacten previamente al servicio.
  • La solicitud de los servicios de la unidad de bioinformática se realizará mediante el envío de correo electrónico a la dirección bioinformatica-ibis@us.es.
  • Se recomienda una descripción lo más detallada posible del experimento, así como los objetivos del análisis.
  • La unidad de bioinformática remitirá un correo electrónico una vez finalizado el análisis.
  • Los datos a analizar serán depositados en el directorio del servicio de bioinformática de la red interna del IBiS, para usuarios/as del mismos. Para aquellas organizaciones ajenas al IBiS, se ruega contacten previamente por correo electrónico.

 

Para solicitar información al respecto puede dirigirse a la siguiente dirección de correo electrónico: bioinformatica-ibis@us.es.