Bioinformática y Biología Computacional

Datos de contacto

Científico Responsable

Pablo Mir RiveraPablo Mir Rivera

Técnico Responsable

Juan Antonio Cordero VarelaJuan Antonio Cordero Varela

Bioinformática y Biología Computacional

  1. Presentación
  2. Técnicas
  3. Equipamiento
  4. Normas de uso
  5. Tarifas

La unidad, creada en Octubre de 2013, tiene como objetivo proporcionar, tanto a grupos de investigación del IBiS como a organizaciones externas, los conocimientos y la infraestructura necesaria en el campo de la bioinformática, así como colaborar en los análisis de datos a gran escala. Además, se encarga de construir y mantener una infraestructura computacional que permite a los investigadores implementar soluciones eficaces a la hora de analizar,  visualizar y/o interpretar datos, principalmente genómicos.

Por último, a través de cursos y seminarios, la unidad pretende formar y fomentar el conocimiento de nuevas técnicas computacionales de análisis, que permitan una mejor y más profunda interpretación biológica de los resultados obtenidos, a partir de los experimentos llevados a cabo en el centro.

Ubicación:2ª Planta

Horario:L-V: De 9:00 a 17:00 *

(*) Aquellos experimentos que requieran tiempo fuera del horario establecido se podrán realizar previo conocimiento del técnico responsable.

Servicio de Análisis Bioinformático

  • Análisis de amplicón (ARNr 16S)
    • Control de calidad.
    • Análisis de diversidad alfa y beta.
    • Análisis taxonómico (abundancia de OTUs).
    • Análisis de asociación entre condición/tratamiento y abundancia de OTUs.
    • Análisis de abundancia diferencial de OTUs.
  • Secuenciación de novo de genomas pequeños (Procariotas-Levaduras)
    • Preprocesamiento de datos y análisis de calidad.
    • Ensamblaje de genomas.
    • Anotación e identificación funcional de genes.
    • Identificación, filtrado y anotación de variantes.
    • Genómica comparativa:

· Análisis del pangenoma

· Alineamiento genómico global entre muestras.

    • Análisis de asociación genotipo-fenotipo.

· Impacto presencia/ausencia genes en fenotipo.

· Impacto de variantes en el fenotipo.

  • Resecuención genómica (exomas, genoma completo y paneles)
    • Preprocesamiento de datos y análisis de calidad.
    • Mapeo de lecturas a genoma de referencia.
    • Identificación, filtrado y anotación de variantes.
  • Análisis de expresión (RNA-Seq / Microarrays)
    • Acceso y análisis de datos públicos (Ej. GEO, ArrayExpress, SRA).
    • Preprocesamiento de datos y análisis de calidad.
    • Análisis de expresión diferencial.
    • Predicción de genes diana de miRNAs.
    • Análisis de enriquecimiento funcional: ruta metabólicas (KEGG, Reactome y WikiPathways) y Gene Ontology.
  • Análisis de supervivencia.
    • Análisis de regresión de Cox univariante y multivariante.
    • Curvas Kaplan-Meier.
    • Búsqueda de firmas génicas.

 

Servicio de computación de alto rendimiento

  • Se proporcionan los recursos necesarios para cálculo intensivo en el clúster de cálculo, así como políticas de actualización y distribución de los recursos computacionales.

 

Pulse sobre los distintos equipos para conocer en detalle sus características.

Hardware

 

  • Clúster de computación de alto rendimiento con 20 TB de almacenamiento:
    • Nodo principal: 2 procesadores Xeon Ivy Bridge E5-2630 V2 de 8 núcleos a 2.6 GHz y con 64 GB de RAM.
    • 4 nodos de cómputo con 2 procesadores Xeon Ivy Bridge E5-2630 V2 a 2.6 GHz de 8 núcleos y con 64 GB de RAM.
    • 4 nodos de cómputo con 2 procesadores Xeon Ivy Bridge E5-2630 V2 a 2.6 GHz de 10 núcleos y  con 128 GB de RAM.
  • Servidor web con 2 procesadores Intel E5-2620 V2 a 2.1 Ghz de 6 núcleos y con 16 GB de RAM y 4 TB de almacenamiento.
  • Servidor de bases de datos con 2 procesadores Intel Ivy Bridge E5-2640 V2 a 2.0 Ghz de 6 núcleos y con 64 GB de RAM y 12 TB de almacenamiento.
  • Servidor ISILON para respaldos con 30 TB de almacenamiento.

Los servidores de computación, web y de bases de datos se encuentran interconectados por una red de alta velocidad Infiniband FDR 56 Gbps.

Hardware

Sotware

 

El clúster de computación tiene como sistema operativo Linux Centos 7 y dispone de una amplia lista de software relacionado con Bioinformática y Machine Learning, así como una Licencia para usar Matlab. Asimismo posee un sistema gestor de recursos (SLURM) para el envío de trabajos, con cuatro colas:

  • matlab: para el uso exclusivo de Matlab.
  • high: para la ejecución rápida de trabajos con poca demanda computacional. Ideal para hacer pruebas. Cola interactiva.
  • ibis: para el envío de trabajos de todo tipo por parte de grupos del IBiS.
  • cbbio: para el envío de trabajos por parte del Servicio de Bioinformática.
Sotware

CON CARACTER GENERAL

  • Los análisis solicitados, así como el mantenimiento de los equipos, quedas limitados exclusivamente al personal del servicio. Para el uso de los recursos computacionales del clúster, se ruega contacten previamente al servicio.
  • La solicitud de los servicios de la unidad de bioinformática se realizará mediante el envío de correo electrónico a la dirección bioinformatica-ibis@us.es.
  • Se recomienda una descripción lo más detallada posible del experimento, así como los objetivos del análisis.
  • La unidad de bioinformática remitirá un correo electrónico una vez finalizado el análisis.
  • Los datos a analizar serán depositados en el directorio del servicio de bioinformática de la red interna del IBiS, para usuarios/as del mismos. Para aquellas organizaciones ajenas al IBiS, se ruega contacten previamente por correo electrónico.

 

Para solicitar información al respecto puede dirigirse a la siguiente dirección de correo electrónico: bioinformatica-ibis@us.es.