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Bioinformática y Biología Computacional
Hardware
La Unidad de Bioinformática y Biología computacional dispone de un centro de procesamiento de datos (CPD), en el que se encuentra alojado un Clúster de Computación de Alto Rendimiento (clúster HPC), en el que llevar a cabo la ejecución y el análisis de tareas que requieren una gran capacidad de cálculo.
El clúster se instaló en 2014 y fue ampliado en 2021. Está compuesto por los siguientes nodos:
- Nodo de virtualización: dispone de un procesador Intel Xeon E5-2640 v2 con 32 núcleos, 64 GB de memoria y 4 TB de almacenamiento.
- Nodos de cómputo con una capacidad total de cómputo de 10,4 TFLOPS:
- 4 nodos con 2 procesadores AMD ROME EPYC 7742, con un total de 128 núcleos, 1 TB de memoria y 2 TB de almacenamiento SSD en scratch cada uno.
- 4 nodos dos procesadores Intel Xeon E5-2640 v2, con un total de 16 núcleos y 64 GB de memoria cada uno.
- 4 nodos dos procesadores Intel Xeon E5-2660 v2, con un total de 20 núcleos y 128 GB de memoria.
- Nodo de GPU con 2 procesadores Intel XEON Cascadelake Silver 42100R, 192 GB de memoria, 2 TB de almacenemiento SSD en scratch y 5 tarjetas Nvidia Tesla A 100 cada una de ellas con 40GB de memoria dedicada. Posea una capacidad de cómputo de 48,5 TFLOPS.
- Nodos de almacenamiento y metadatos con sistema de archivos en paralelo BeeGFS. Disponen en total de 292 TB de almacenamiento neto.
- Nodo de backups: dispone de 2 procesadores Intel XEON Cascadelake Silver 42100R, 192 GB de memoria y 144 TB de almacenamiento neto.
Todos los nodos disponen de una tarjeta de red Mellanox Infiniband (FDR 56GB/s) y están conectados a una red Infiniband de alta velocidad mediante un switch Mellanox MSX6025F-1BRR.
El centro posee asimismo un servidor de almacenamiento ISILON con 300 TB de espacio, para su uso por el servicio de bioinformática para copias de seguridad.
Software
El clúster dispone de una amplia lista de software relacionados con Bioinformática y Machine Learning, así como una licencia para usar Matlab y un gestor de colas (SLURM) para el envío de trabajos.
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